Desa Punaga dulunya diperintah oleh sebuah kerajaan yang dipimpin oleh Raja Bobang Dg. Malimpo. Desa Punaga merupakan desa kelahiran ibu kandung Pahlawan Nasional Sultan Hasanuddin yang bernama I Sabbelo'mo Daeng Takontu. Ibu kandung Sultan Hasanuddin dimakamkan di pemakaman Kassibumbung di Dusun Punaga yang merupakan makam bersejarah dan situs cagar budaya. 

Selanjutnya pada tahun 1989 terbentuklah suatu desa yang diberi nama Desa Punaga yang merupakan pemekaran dari Desa Laikang.

Sejak terbentuknya Desa Punaga secara resmi, pembangunan yang dilaksanakan dirasakan manfaatnya oleh masyarakat. Permasalahan telah banyak terselesaikan, tetapi karena perkembangan waktu, luas wilayah, jumlah penduduk, dukungan potensi, serta pemenuhan kebutuhan masyarakat, masih banyak program pembangunan yang harus dilaksanakan.